El 21 de octubre de 1981, nace Juventud para Cristo, con la finalidad de evangelizar y predicar al interior del país. Después de muchas experiencias exitosas pero consientes de la necesidad de preparación y comunión se crea la Alianza Fraternal de Iglesias de Santidad, AFIS. Estas dos organizaciones fueron el punto de partida para que el 08 de septiembre de 1984 se creara el Centro de Estudios Bíblico de la Alianza Fraternal de Iglesias de Santidad, CEBAFIS, en 1986 se le cambió el nombre a Centro de Estudios Bíblicos de Santidad, CEBISA, en 1987 sufre otro cambio a Seminario Bíblico de santidad, SEBISA y finalmente en 1994 se denomina Seminario Teológico de Honduras, SETEHO

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El Seminario Teológico de Honduras, SETEHO es una organización interdenomiacional, producto de la visión que recibiera el joven Raúl Zaldívar Muñoz, quien junto a Juan Carlos Valladares y Aurora Recinos se propusieron suplir el vacío educacional que existía entre los líderes y pastores de las iglesias rurales y urbanas que no contaban con programas de formación bíblica formal. Raúl Zaldívar fungió como primer rector de SETEHO desde 1990-1997.

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En 1990 SETEHO sufre su primera transformación al implementar metodologías educativas que hacían énfasis en la reflexión, en la crítica y en la capacidad de plasmar el pensamiento de forma escrita de manera coherente.

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Desde 1997 hasta el 2005, asume la rectoría el Lic. Ignacio Alonzo.  De julio de 1997 a julio de 1998, la rectoría fue asumida por el Lic. George Nedrebo, de forma interina, El Lic. Alonzo se reintegró en agosto de 1998. En su gobierno se concretizó el primer convenio con la Organización Cristiana Amor Viviente, el cual se ha ampliado y mantenido hasta la actualidad.

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En 2001 bajo la dirección de la Vicerrectora, Iris Barrientos, SETEHO presenta un abanico de opciones para estudiar desde las congregaciones o  campus, ofreciendo programas a la medida de la iglesia,  a través de la creación de Universidad para Líderes (UPL) como una sombrilla para educar a las iglesias en programas personalizados de acuerdo a sus necesidades. Así nace UPL para responder a las necesidades que plantee la iglesia y organizaciones afines, proveyendo programas a la medida de las mismas.

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Desde 2005 a 2018, asume la rectoría la Dra. Iris Barrientos y se da la segunda transformación de SETEHO. Se pasa de formar teólogos a formar biblistas con sólidas bases en los idiomas originales y exégesis bíblica. A su vez se impulsó una producción literaria sin igual. Se produjeron cientos de materiales excepcionales con una calidad académica extraordinaria.  

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Se establecieron convenios con distintas denominaciones, iglesias independientes  organizaciones para eclesiásticas y la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán (UPNFM).

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 Se inicia la celebración de la Reforma protestante a través del programa de Identidad Cristiana y se amplían los convenios y programas.

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En 2019 asume la rectoría la Ms. Miriam Lizeth Bermúdez, quien ha servido en SETEHO desde 1996, por lo cual conoce esta noble institución y ha trabajado junto a los tres rectores que la antecedieron. Durante su gestión se formaliza el paso de SETEHO hacia la virtualidad.

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SETEHO ha graduado en esto 36 años a más de ocho mil estudiantes en programas de grado, pregrado y diplomados. Nuestros estudiantes son la carta de presentación, muchos de los cuales sirven en diferentes ministerios como escritores excepcionales, conferencistas de prestigio, docentes, pastores y pastoras con congregaciones influyentes y líderes comprometidos que transforman positivamente los entornos

SETEHO funciona bajo la cobertura legal de la Fundación para el Desarrollo de la Misión Integral, FUNDEMI